Добавляйте в проект измененный ЗУ (как в межевом плане). В свойствах образуемого ЗУ, на вкладке "Учетные данные", "Способ образования:" укажите "Раздел с измененным земельным участком". Укажите один или несколько "Исходные участки:":
Нажмите кнопку с тремя точками.
Выберите измененный из списка, "Добавить". Повторите при необходимости. | 
