Автоматической такой операции нет. В ПКЗО есть геометрические операции на карте, в режиме редактирования (включается иконкой с белой стрелкой или Ctrl+1). В вашем случае подойдет операция "Разъединить", которая делит выбранный объект на карте, пересекающим его другим объектом на части. Выбирайте разрезаемое ЗУ, правой кнопкой на ЗУ "Разъединить".
Затем выбирайте объект которым нужно разделить ЗУ, в вашем случае границу МО. Получатся полигоны в проектном слое, которые можно установить как границы образуемых ЗУ, правой кнопкой на границе объекта в панели проекте "Установить из карты". Если будут вопросы пишите на support@pkzo.ru | 
