Вероятно, вы указали документ ShemaParcels…. .zip как документ приложение в разделе «Документы». Там формат zip допустим. Далее, скорее всего, вы указали этот документ (Схема на КПТ) как «Документ-основание» в свойствах образуемого участка (на вкладке «Характеристики» или «Доступ»). Здесь xml-схема допускает документы только pdf (и если рядом будет файл подписи .sig, предложит добавить его), поэтому появилось замечание и как документ-основание, он не попадет в формируемый xml. Нужно добавить документ-основание в нужном формате. Если не разберетесь, присылайте проект на support@pkzo.ru , правой кнопкой на названии проекта "Сохранить в файл..." | 
