Причина этой проблемы кроется в недоработке АИС ГКН (программа в кадастровой палате). На данный момент ФЛК (модуль форматно-логического контроля в АИС ГКН) не пропускает случай, когда в одном XML-документе (межевом плане) указаны сведения о нескольких уточняемых участках (элемент ExistParcel).
Уточнение смежного земельного участка одновременно с образованием или уточнением основного объекта работ, можно оформить только в рамках элемента SpecifyRelatedParcel. Для формирование этого элемента в ПКЗО используются типы "смежный-исходный" (в основе проекта) и "смежный-уточняемый" (в содержании). Рекомендации по оформлению проекта здесь. Если Вам нужно сгенерировать бумажный документ так, чтобы сведения о смежных участках попали в раздел об уточняемых участках - нужно перед генерацией бумажного документа изменить типы смежных участков на "исходный" (в основе) и "уточняемый" (в содержании). После генерации внимательно проверяйте полученный документ и вносите изменения вручную. Если Вам нужно сгенерировать электронный вид межевого плана с информацией об измененной смежной границе смежных участков (элементы SpecifyRelatedParcel) - нужно установить типы смежных участков в "смежный-исходный" (в основе проекта) и "смежный-уточняемый" (в содержании). | 
